Bapas Jakarta Selatan mulai didirikan pada tanggal 7 Pebruari 1995 yang merupakan pemekaran dari Balai Pemasyarakatan Jakarta Barat dan Selatan melalui Surat Keputusan Menteri Kehakiman Nomor: M.226.KP.04.04 tahun 1995.
Lahirnya Lembaga baru di lingkungan Pemasyarakatan, yaitu Kantor BISPA (Bimbingan Kemasyarakatan dan Pengentasan Anak sebagai Unit Pelayanan Teknis/ UPT) Pembinaan Luar Lembaga Pemasyarakatan, kemudian kantor Bispa merubah menjadi Balai Bispa yang kemudian nomenklaturnya berubah menjadi Kantor Balai Pemasyarakatan (BAPAS) melalui Keputusan Menteri Kehakiman RI Nomor : M.01.PR.07.03 Tanggal 12 Pebruari 199.
Kantor Balai Pemasyarakatan (BAPAS) Klas I Jakarta Selatan saat ini beralamat di Jl. Moch. Kahfi II No. 42 A Jagakarsa, Lenteng Agung, Jakarta Selatan.