Bapas Jakarta Selatan mulai didirikan pada tanggal 7 Pebruari 1995 yang merupakan pemekaran dari Balai Pemasyarakatan Jakarta Barat dan Selatan melalui Surat Keputusan Menteri Kehakiman Nomor: M.226.KP.04.04 tahun 1995.
Lahirnya Lembaga baru di lingkungan Pemasyarakatan, yaitu Kantor BISPA (Bimbingan Kemasyarakatan dan Pengentasan Anak sebagai Unit Pelayanan Teknis/ UPT) Pembinaan Luar Lembaga Pemasyarakatan, kemudian kantor Bispa merubah menjadi Balai Bispa yang kemudian nomenklaturnya berubah menjadi Kantor Balai Pemasyarakatan (BAPAS) melalui Keputusan Menteri Kehakiman RI Nomor : M.01.PR.07.03 Tanggal 12 Pebruari 1997 dan Kantor Balai Pemasyarakatan (BAPAS) Klas I Jakarta Selatan saat ini beralamat di Jl. Moch. Kahfi II No. 42 A Jagakarsa, Lenteng Agung, Jakarta Selatan.
Bapas Selatan memiliki luas tanah 730 M2 dengan status tanah SHM (Sertifikat Hak Milik), terdapat dua bangunanya itu Bangunan Kantor (704 M2) dan Rumah Negara (81 M2). Kondisi gedung Kantor Bapas Selatan telah mengalami rehabilitasi gedung sebanyak tiga kali sampai dengan tahun 2013.